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Atmo Nouvelle-Aquitaine compte les pollens présents dans l'air sur cinq sites de la région : Angoulême, Limoges, La Rochelle, Niort et Poitiers. Les autres sites de comptage de Nouvelle-Aquitaine sont gérés directement par le RNSA. En complément, Atmo Nouvelle-Aquitaine collabore avec l'APSF sur les pollinariums sentinelles de la région. L'objectif de ce dispositif est de suivre les dates de floraison des plantes allergisantes.